R kodu (knitr)

Overleaf, knitr ile bir entegrasyon sunar; bu sayede dinamik çıktı üretmek için LaTeX belgenize R kodu ekleyebilirsiniz.

R kodu içeren belgeler .Rtex veya .Rnw uzantısıyla kaydedilmelidir, aksi takdirde kod çalışmaz. Bir örneğe bakalım:

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@
\end{document}

Bu knitr örneğini Overleaf’te açın

Gördüğünüz gibi <<>>= ve @ karakterleri arasındaki metin R kodudur. Bu kod ve çıktısı listeleme benzeri bir biçimde yazdırılır. Bu kod parçası, bir sonraki bölümde açıklandığı gibi dinamik çıktıyı özelleştirmek için bazı ek parametreler alabilir.

​

Kod parçaları (chunk)

Önceki bölümde sunulana benzer bir kod bloğuna genellikle chunk (parça) denir. knitr parçalarında bazı ek seçenekler ayarlayabilirsiniz. Aşağıdaki örneğe bakın:

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@
\end{document}

Bu knitr örneğini Overleaf’te açın

<< ve >> içinde iki ek seçenek iletilmiştir.

• echo=FALSE Bu, kodu gizler ve yalnızca R tarafından üretilen çıktıyı yazdırır.

• cache=TRUE cache true olarak ayarlanırsa parça çalıştırılmaz, yalnızca onun ürettiği nesneler kullanılır. Bu, o parçadaki veriler değişmediyse zaman kazandırır.

  cache=TRUE seçeneğinin şu anda Overleaf’te desteklenmediğini, ancak yerel olarak çalışması gerektiğini unutmayın.

Daha fazla seçenek için başvuru kılavuzuna bakın.

​

Satır içi komutlar

Bir parçada oluşturulan nesnelere erişmek ve bunları satır içinde yazdırmak mümkündür.

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@

So, the mean of the data is $\Sexpr{mean(X)}$
\end{document}

Bu knitr örneğini Overleaf’te açın

\Sexpr{mean(X)} komutu, mean(X) R kodunun döndürdüğü çıktıyı yazdırır. Süslü parantezlerin içine herhangi bir R komutu verilebilir.

​

Grafikler

Bu örnekte olduğu gibi knitr belgesine grafikler de eklenebilir:

\documentclass{article}
\begin{document}

<<plot1, fig.pos="t", fig.height=4, fig.width=4, fig.cap="First plot">>=

xdata = read.csv(file="data.txt", head=TRUE,sep=" ")

hist(xdata$data, main="Overleaf histogram", xlab="Data")

@

The figure \ref{fig:plot1} is simple histogram.

\end{document}

Bu knitr örneğini Overleaf’te açın

Bu histogram, geçerli çalışma dizininde kayıtlı “data.txt” dosyasındaki verileri kullanır. Parçaya şekille ilgili birkaç seçenek iletilmiştir.

plot1 Bu, grafiğe atıfta bulunmak için kullanılan etikettir. “fig:” öneki zorunludur. Örnekte şekle \ref{fig:plot1} ile atıfta bulunulduğunu görebilirsiniz. fig.pos="t" konumlandırma parametresi. Bu, figure ortamında kullanılanla aynıdır. fig.height=4, fig.width=4 Şeklin genişliği ve yüksekliği. fig.cap="First plot" Şeklin başlığı.

​

Harici R betikleri

Harici bir R betiğinin bölümlerini bir knitr belgesine aktarabilirsiniz. Betiği belgenize eklemeden önce harici bir programda yazıp hatalarını ayıklamak oldukça yaygın olduğundan bu çok kullanışlıdır.

LaTeX belgemize eklediğimiz mycode.R adlı bir dosyada aşağıdaki R kodunun bulunduğunu varsayalım:

## ---- myrcode1
# Create a sequence of numbers
 X = 2:10

## ---- myrcode2
# Display basic statistical measures
summary(X)

Şu satırlara dikkat edin:

## ---- myrcode1

ve

## ---- myrcode2

Bunlar bir kod parçasının başlangıcını işaretler ve aşağıdaki kod parçasında gösterildiği gibi bu betiği belgemizde kullanmak istiyorsanız zorunludur:

The chunk below will not be printed

<<echo=FALSE, cache=FALSE>>=
read_chunk("mycode.R")
@

The code must show up here

<<myrcode2>>=

@

İlk parça yazdırılmaz ve yalnızca read_chunk("mycode.R") komutuyla betiği içe aktarmak için kullanılır. Bu yüzden echo=FALSE seçeneği ayarlanmıştır. Ayrıca betikler önbelleğe alınmamalıdır. Betik içe aktarıldıktan sonra, ## ---- sonrasında belirlediğiniz etiketi kullanarak bir parçayı yazdırabilirsiniz. Bu örnekte bu etiket myrcode2’dir.

Makaledeki tüm kod parçalarını, Overleaf’te açabileceğiniz bir projede bir araya getirdik.

​

Başvuru kılavuzu

Bazı parça seçenekleri:

• results. R kodu tarafından üretilen sonuçların davranışını değiştirir. Olası değerler şunlardır:
  • markup Çıktıyı biçimlendirmek için LaTeX kullanır.
  • asis R’den gelen ham sonuçları yazdırır.
  • hold Çıktı sonuçlarını bekletir ve parçanın sonuna iter.
  • hide Sonuçları gizler.
• echo. R kaynak kodunun dahil edilip edilmeyeceği. Diğer parametreler şunlardır:
  • echo=2:3 yalnızca ikinci ve üçüncü satırları yazdırır;
  • echo=-2:-3 yalnızca ikinci ve üçüncü satırları hariç tutar.
• cache. Kod parçasının önbelleğe alınıp alınmayacağı. Olası değerler: TRUE ve FALSE
• highlight. Kaynak kodun vurgulanıp vurgulanmayacağı. Olası değerler: TRUE ve FALSE
• background. Parçanın arka plan rengi. rgb ve HTML biçimleri kullanılabilir. Varsayılan değer “#F7F7F7“‘dir.