R 코드 (knitr)

Overleaf는 knitr와의 통합을 제공하므로, LaTeX 문서에 R 코드를 추가하여 동적 출력을 생성할 수 있습니다.

R 코드가 포함된 문서는 .Rtex 또는 .Rnw 확장자로 저장해야 하며, 그렇지 않으면 코드가 작동하지 않습니다. 예시를 살펴보겠습니다.

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@
\end{document}

Overleaf에서 이 knitr 예제 열기

보시다시피 <<>>=와 @ 문자 사이의 텍스트가 R 코드입니다. 이 코드와 그 출력은 코드 목록과 비슷한 형식으로 출력됩니다. 다음 섹션에서 설명하는 것처럼, 이 코드 조각에 추가 매개변수를 지정하여 동적 출력을 사용자 지정할 수 있습니다.

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코드 청크

이전 섹션에서 소개한 것과 같은 코드 블록을 일반적으로 청크(chunk) 라고 합니다. knitr 청크에는 몇 가지 추가 옵션을 설정할 수 있습니다. 아래 예시를 참조하세요.

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@
\end{document}

Overleaf에서 이 knitr 예제 열기

<<와 >> 안에 두 가지 추가 옵션이 전달되었습니다.

• echo=FALSE 코드를 숨기고 R이 생성한 출력만 표시합니다.

• cache=TRUE cache를 true로 설정하면 청크가 실행되지 않고 청크가 생성한 객체만 사용됩니다. 해당 청크의 데이터가 변경되지 않은 경우 시간을 절약할 수 있습니다.

  cache=TRUE 옵션은 현재 Overleaf에서 지원되지 않지만, 로컬에서는 작동합니다.

더 많은 옵션은 참조 가이드를 참조하세요.

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인라인 명령

청크에서 생성된 객체에 접근하여 본문 중에 인라인으로 출력할 수 있습니다.

\documentclass{article}
\begin{document}

You can type R commands in your \LaTeX{} document which will be processed and their output included in the document:

<<echo=FALSE, cache=TRUE>>=
# Create a sequence of numbers
X = 2:10

# Display basic statistical measures
summary(X)

@

So, the mean of the data is $\Sexpr{mean(X)}$
\end{document}

Overleaf에서 이 knitr 예제 열기

\Sexpr{mean(X)} 명령은 R 코드 mean(X)가 반환한 출력을 표시합니다. 중괄호 안에는 어떤 R 명령이든 넣을 수 있습니다.

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플롯

다음 예시처럼 knitr 문서에 플롯을 추가할 수도 있습니다.

\documentclass{article}
\begin{document}

<<plot1, fig.pos="t", fig.height=4, fig.width=4, fig.cap="First plot">>=

xdata = read.csv(file="data.txt", head=TRUE,sep=" ")

hist(xdata$data, main="Overleaf histogram", xlab="Data")

@

The figure \ref{fig:plot1} is simple histogram.

\end{document}

Overleaf에서 이 knitr 예제 열기

이 히스토그램은 현재 작업 디렉터리에 저장된 “data.txt”의 데이터를 사용합니다. 청크에는 그림 관련 옵션이 몇 가지 전달됩니다.

plot1 플롯을 참조하는 데 사용되는 레이블입니다. 접두사 “fig:“는 필수입니다. 예시에서 그림이 \ref{fig:plot1}으로 참조되는 것을 볼 수 있습니다. fig.pos="t" 위치 지정 매개변수입니다. figure 환경에서 사용하는 것과 같습니다. fig.height=4, fig.width=4 그림의 너비와 높이입니다. fig.cap="First plot" 그림의 캡션입니다.

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외부 R 스크립트

외부 R 스크립트의 일부를 knitr 문서로 가져올 수 있습니다. 스크립트를 문서에 포함하기 전에 외부 프로그램에서 작성하고 디버깅하는 경우가 꽤 흔하므로 매우 유용합니다.

LaTeX 문서에 포함할 다음 R 코드가 mycode.R이라는 파일에 있다고 가정해 보겠습니다.

## ---- myrcode1
# Create a sequence of numbers
 X = 2:10

## ---- myrcode2
# Display basic statistical measures
summary(X)

다음 줄과

## ---- myrcode1

다음 줄에 주목하세요.

## ---- myrcode2

이 줄들은 코드 청크의 시작을 표시하며, 다음 코드 조각처럼 이 스크립트를 문서에서 사용하려면 반드시 필요합니다.

The chunk below will not be printed

<<echo=FALSE, cache=FALSE>>=
read_chunk("mycode.R")
@

The code must show up here

<<myrcode2>>=

@

첫 번째 청크는 출력되지 않으며 read_chunk("mycode.R") 명령으로 스크립트를 가져오는 데만 사용됩니다. 그래서 echo=FALSE 옵션이 설정되어 있습니다. 또한 스크립트는 캐시되면 안 됩니다. 스크립트를 가져온 후에는 ## ---- 뒤에 설정한 레이블을 사용하여 청크를 출력할 수 있습니다. 이 경우에는 myrcode2입니다.

이 문서의 모든 코드 조각을 Overleaf에서 열 수 있는 프로젝트에 모아 두었습니다.

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참조 가이드

몇 가지 청크 옵션:

• results. R 코드가 생성한 결과의 동작 방식을 변경합니다. 가능한 값은 다음과 같습니다.
  • markup LaTeX를 사용하여 출력 형식을 지정합니다.
  • asis R의 원시 결과를 출력합니다.
  • hold 출력 결과를 보류했다가 청크 끝으로 보냅니다.
  • hide 결과를 숨깁니다.
• echo. R 소스 코드를 포함할지 여부입니다. 다른 매개변수는 다음과 같습니다.
  • echo=2:3 두 번째와 세 번째 줄만 출력합니다.
  • echo=-2:-3 두 번째와 세 번째 줄만 제외합니다.
• cache. 코드 청크를 캐시할지 여부입니다. 가능한 값: TRUE 및 FALSE
• highlight. 소스 코드를 강조 표시할지 여부입니다. 가능한 값: TRUE 및 FALSE
• background. 청크의 배경색입니다. rgb 및 HTML 형식을 사용할 수 있습니다. 기본값은 “#F7F7F7” 입니다.