3. MongoDB en Redis deployen

Draai MongoDB als replicaset en Redis met persistentie, of verwijs naar je eigen.

Ayakaleaf Pro heeft het volgende nodig:

• MongoDB 8 als replicaset (het gebruikt transacties). Drie leden verdeeld over drie nodes overleven het uitvallen van een node; één lid werkt ook.
• Redis 7, één server met AOF-persistentie. Redis bevat de bewerkingen die nog niet naar MongoDB zijn geschreven, de sessies en de berichten tussen Overleaf-services. Overleaf maakt verbinding met één Redis-server: Sentinel en Redis Cluster worden niet ondersteund.

Je kunt in plaats daarvan beheerde diensten gebruiken, zoals MongoDB Atlas of de Redis van je cloud. Sla deze pagina over en stel OVERLEAF_MONGO_URL en OVERLEAF_REDIS_HOST daarop in bij stap 4.

1. MongoDB

   10-mongo.yaml

   apiVersion: v1
   kind: Service
   metadata:
     name: mongo
     namespace: overleaf
   spec:
     clusterIP: None                 # headless: gives mongo-0.mongo, mongo-1.mongo, ...
     publishNotReadyAddresses: true  # members must resolve each other before the set is initiated
     selector:
       app: mongo
     ports:
       - name: mongo
         port: 27017
   ---
   apiVersion: apps/v1
   kind: StatefulSet
   metadata:
     name: mongo
     namespace: overleaf
   spec:
     serviceName: mongo
     replicas: 3
     selector:
       matchLabels:
         app: mongo
     template:
       metadata:
         labels:
           app: mongo
       spec:
         affinity:
           podAntiAffinity:
             requiredDuringSchedulingIgnoredDuringExecution:
               - labelSelector:
                   matchLabels:
                     app: mongo
                 topologyKey: kubernetes.io/hostname
         containers:
           - name: mongo
             image: mongo:8.0
             args:
               - --replSet=overleaf
               - --bind_ip_all
               - --wiredTigerCacheSizeGB=0.25   # default is 50% of (RAM - 1 GB); size it for your nodes
             # env:
             #   - name: GLIBC_TUNABLES        # only on kernel 6.19+ (SERVER-121912)
             #     value: glibc.pthread.rseq=1
             ports:
               - containerPort: 27017
             readinessProbe:
               tcpSocket:
                 port: 27017
             resources:
               requests:
                 cpu: 100m
                 memory: 384Mi
               limits:
                 memory: 768Mi
             volumeMounts:
               - name: data
                 mountPath: /data/db
     volumeClaimTemplates:
       - metadata:
           name: data
         spec:
           accessModes: [ReadWriteOnce]
           resources:
             requests:
               storage: 5Gi
   ---
   # Initiates the replica set once. Safe to re-run: it does nothing when the set exists.
   apiVersion: batch/v1
   kind: Job
   metadata:
     name: mongo-init-replica-set
     namespace: overleaf
   spec:
     backoffLimit: 20
     template:
       spec:
         restartPolicy: OnFailure
         containers:
           - name: init
             image: mongo:8.0
             command:
               - mongosh
               - --quiet
               - --host=mongo-0.mongo
               - --eval
               - |
                 try {
                   rs.status()
                   print('replica set already initiated')
                 } catch (e) {
                   rs.initiate({
                     _id: 'overleaf',
                     members: [
                       { _id: 0, host: 'mongo-0.mongo.overleaf.svc.cluster.local:27017' },
                       { _id: 1, host: 'mongo-1.mongo.overleaf.svc.cluster.local:27017' },
                       { _id: 2, host: 'mongo-2.mongo.overleaf.svc.cluster.local:27017' },
                     ],
                   })
                 }
   

   kubectl apply -f 10-mongo.yaml
   kubectl -n overleaf rollout status statefulset/mongo
   kubectl -n overleaf wait --for=condition=complete job/mongo-init-replica-set --timeout=5m
   kubectl -n overleaf exec mongo-0 -- mongosh --quiet --eval 'rs.status().members.map(m => m.name + " " + m.stateStr)'
   

   Na enkele seconden zou één lid PRIMARY moeten zijn en de andere SECONDARY. De Job probeert het opnieuw totdat alle leden antwoorden, dus een paar mislukte Job-pods zijn normaal.

   • De headless Service heeft publishNotReadyAddresses: true nodig: de leden moeten elkaar op naam kunnen vinden voordat de replicaset bestaat.
   • De leden worden toegevoegd met hun stabiele namen (mongo-0.mongo.overleaf.svc.cluster.local), nooit met pod-IP’s, die bij elke herstart veranderen.
   • Voor één lid stel je replicas: 1 in en houd je alleen mongo-0 in de Job.
2. Redis

   20-redis.yaml

   apiVersion: v1
   kind: Service
   metadata:
     name: redis
     namespace: overleaf
   spec:
     selector:
       app: redis
     ports:
       - name: redis
         port: 6379
   ---
   apiVersion: apps/v1
   kind: StatefulSet
   metadata:
     name: redis
     namespace: overleaf
   spec:
     serviceName: redis
     replicas: 1
     selector:
       matchLabels:
         app: redis
     template:
       metadata:
         labels:
           app: redis
       spec:
         containers:
           - name: redis
             image: redis:7.4
             args: [--appendonly, "yes"]
             ports:
               - containerPort: 6379
             readinessProbe:
               tcpSocket:
                 port: 6379
             resources:
               requests:
                 cpu: 50m
                 memory: 128Mi
               limits:
                 memory: 512Mi
             volumeMounts:
               - name: data
                 mountPath: /data
     volumeClaimTemplates:
       - metadata:
           name: data
         spec:
           accessModes: [ReadWriteOnce]
           resources:
             requests:
               storage: 2Gi
   

   kubectl apply -f 20-redis.yaml
   kubectl -n overleaf rollout status statefulset/redis
   

​

Q&A

MongoDB 8 crasht bij het opstarten op een recente kernel. Waarom?

Antwoord: MongoDB 8 faalt op Linux-kernel 6.19 en later (SERVER-121912). Haal het commentaarteken weg bij de omgevingsvariabele GLIBC_TUNABLES in 10-mongo.yaml.

Hoeveel geheugen heeft MongoDB nodig?

Antwoord: Standaard gebruikt MongoDB de helft van het geheugen van de node min 1 GB voor zijn cache, en het ziet het geheugen van de node, niet de limiet van de pod. Stel --wiredTigerCacheSizeGB in op basis van je nodes; met 0.25 bleef elk lid op ongeveer 200 tot 260 MiB op onze testnodes van 4 GB.